Sedan början av 1930-talet lånade Stockholms Frivilliga Motorbåtsflottilj (SFMF) Klockaruddsholmen men som bas för flottiljens övningar. Då möjlighet gavs 1939 köpte kåren ön från staten för 1000 kronor. Samma år genomfördes en försökskurs med sommarutbildning på Klockis. Två år senare genomfördes också på ön den senare ordinarie sommarutbildnngen för verksamhetens ungdomar. Det var 1941 under Kn Roséns ledning. Efter Sjövärnskårens tillkomst 1941, tidigare SFMK, befarade flottiljen att staten skulle lägga beslag på flottiljens egna fonder, kapital och privata medel. För att undvika detta bildades den 15 maj 1943 Stockholms Sjövärnsflottiljs kamratförening. Denna förening tog över ägandeskapet av Klockis.

1950 ändrades namnet till Stockholms Sjövärnsförening.
1975 bildades Sjövärnsföreningarnas RIksförbund och då återtogs det gamla namnet Stockholms Sjövärnsflottilj kamratförening.

Centralorganisationen ombildades 1981 blev namnet "Sjövärnsförening" ledigt igen och man namnändrades till Stockholm Sjövärnsförening.
Under 2000-talet tillkom Stiftelsen för att säkerställa öns framtid.
Stockholms Sjövärnsförening som lever vidare idag, har hand om medlemsvården och kontakten och samarbetet med Sjövärnskåren Stockholm.

Sjövärnskåren Stockholm har tagit fram en jubileumsbok till 100års firandet.