Sedan början av 1930-talet lånade Stockholms Frivilliga Motorbåtsflottij (SFMF) Klockaruddsholmen som bas för flottiljens övningar. Då möjlighet gavs 1939 köpte kåren ön från staten för 1000kr. Samma år genomfördes en försökskurs med sommarutbildning på Klockuddsholmen under 14-dagarsperiod.

Två år senare genomfördes också på ön den senare ordinarie sommarutbildningen för verksamhetens ungdomar. Efter Sjövärnskårens (tidigare SFMF) tillkomst 1941, befarade flottiljen att staten skulle lägga beslag på flottiljens egna fonder, kapital och medel. För att undvika detta bildades därför den 15 maj 1943 Stockholms Sjövärnsflottiljs kamratförening. Denna förening tog över ägandeskapet av Klockaruddsholmen för att tillvarata föreningens egendomar. 1950 ändrades namnet till Stockholms Sjövärnsförening. 

Under 2000-beslutades att skilja på kamratföreningen och tillvaratagandet av Klockaruddsholmen för att säkra framtiden för ön. Detta gjordes genom instiftandet av Stiftelsen Stockholm Sjövärnsförening år 2005. Stiftelsen förvaltar och driver Klockaruddsholmen, medan medlemsverksamheten låg kvar hos föreningen. Föreningen verkade också som huvudman för Stiftelsen. 

Föreningen har i viss utsträckning haft samma medlemmar som Sjövärnskåren Stockholm, och som dessutom i grunden i stor utsträckning kommer från Sjövärnsverksamhet. Minskande medlemsaktiviteter under senare år och Stiftelsens möjligheter genom ett utökat samarbete med Sjövärnskåren Stockholm, kom att leda till att Stiftelsen valde under våren 2023 att byta huvudman till Sjövärnskåren Stockholm. Föreningen la därmed ner i december 2023. Medlemmarna från Föreningen kvarstår som medlemmar i Sjövärnskåren Stockholm.