Sjövärnsstiftelsen Klockaruddsholmen bildades år 2005 (under namnet Stiftelsen Stockholm Sjövärnsföreningen) . Anledningen till bildandet av en stiftelse var, och är, att garantera öns framtid.

Stiftelsen äger och förvaltar Klockaruddsholmen. Allt arbete i stiftelsen är ideellt. Stiftelsen har styrelsemöten några gånger per år och har nära samarbete med öns huvudman Sjövärnskåren Stockholm.

Stiftelsen består sedan februari 2024 av sju ledamöter. Emma Tonell (ordförande), Anders Bergström, Johanna Kaur, Girion Blomdahl, Jonas Ulfvin, Linnéa Stake, Christer Klinth, Niclas Foundér Winghamre samt adjungerad Helge Tiainen.